ในช่วงปลายยุคเอโดะ ยุคที่มนุษยชาติถูกโจมตีโดยมนุษย์ต่างดาวที่เรียกกันว่า ชาวสวรรค์ ซามูไรแห่งนครเอโดะประเทศญี่ปุ่นพยายามต่อสู้เพื่อปกป้องโลก แต่เมื่อโชกุนรู้ถึงพลังและวิทยาการของชาวสวรรค์จึงหวาดกลัวแล้วยอมจำนน โชกุนยินยอมลงนามในสนธิสัญญาที่ไม่เท่าเทียมกับชาวสวรรค์ ออกคำสั่งห้ามพกดาบในที่สาธารณะและอนุญาตให้ชาวสวรรค์เข้าประเทศ ดาบของซามูไรถูกยึดไปและรัฐบาลบาคุฟุของโชกุนตระกูลโทกุงาว่าได้กลายเป็๋นรัฐบาลหุ่นเชิด…

แม้ว่าเนื้อเรื่องส่วนใหญ่จะเป็นเรื่องจบเป็นตอน ๆ แต่ก็มีพัฒนาการของเนื้อเรื่องในเนื้อเรื่องบางภาคและตัวละครปฏิปักษ์ที่กลับมาซ้ำ ตัวอย่างเช่นอดีตสหายของกินโทกิชื่อทากาสุงิ ชินสุเกะผู้ถือว่ากินโทกิและอดีตสหายคนอื่นคือศัตรูและหาทางจะทำลายรัฐบาลโชกุน ในเวลาต่อมาทากาสุงิได้พันธมิตรอันได้แก่ คามุอิพี่ชายของคางุระ และหน่วยรบชั้นสูงมิมาวาริงุมิ เพื่อเตรียมก่อการรัฐประหารครั้งใหญ่ ภายหลังเมื่อปฏิปักษ์ที่แท้จริงคืออุซึโร่ผู้เป็นอมตะปรากฏตัว กินโทกิจึงร่วมกับทั้งสหายและศัตรูในการยับยั้งอุซึโร่ไม่ให้ทำลายโลก

แหล่งที่มา Gintama