สองปีผ่านไปนับตั้งแต่การจู่โจมของ CCG ใน Anteiku แม้ว่าบรรยากาศในโตเกียวจะเปลี่ยนไปอย่างมากเนื่องจากอิทธิพลของ CCG ที่เพิ่มขึ้น แต่ผีปอบยังคงก่อปัญหาอย่างต่อเนื่องเนื่องจากพวกเขาเริ่มระมัดระวังโดยเฉพาะองค์กร Aogiri Tree ซึ่งเป็นผู้ก่อการร้ายซึ่งยอมรับการคุกคามที่เพิ่มขึ้นของ Tokyo Ghoul re ภาค 4 ต่อการดำรงอยู่ของพวกเขา การสร้างทีมพิเศษที่รู้จักกันในชื่อ Quinx Squad อาจทำให้ CCG ได้รับแรงผลักดันที่พวกเขาต้องการกำจัดชาวโตเกียวที่ไม่ต้องการ