ภาค Nagato Yuki-chan no Shoushitsu จะกล่าวถึง นางาโตะ ยูกิ สาวน้อยนักเรียนม.ปลายธรรมดาที่อยู่ชมรมวรรณกรรมของโรงเรียนเขตเหนือ เธอเป็นสาวน้อยขี้อายที่แอบชอบเคียวน์ที่เป็นสมาชิกชมรมวรรณกรรมเช่นเดียว กับเธอ ช่วงก่อนถึงวันคริสต์มาสก็ได้ขอความช่วยเหลือจากอาซากุระ เรียวโกะที่เป็นเพื่อนสนิทเพื่อจัดงานเลี้ยงฉลองที่ห้องชมรมในวันนั้น เรื่องราวแนวคอมเมดี้ในรั้วโรงเรียนที่ไม่ได้ปนเรื่องเหนือธรรมชาติแบบภาคหลักจึงได้เริ่มต้นขึ้น